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« Antibiotiques : pitié pour nos microbiotes ! »

Par Académie d’Agriculture de France, Académie nationale de Chirurgie, Académie nationale de Chirurgie Dentaire, Académie nationale de médecine, Académie nationale de Pharmacie, Académie Vétérinaire de France, Académie des Sciences

Séance thématique hepta-académique

Vous pouvez voir le programme de cette séance qui a eu lieu le 16 juin 2021 dans consulter le document


CONSÉQUENCES DE L’ANTIBIOTHÉRAPIE CHEZ L’ANIMAL

Arlette LAVAL, Docteur vétérinaire, agrégée de médecine des animaux d’élevage. Expert honoraire près la Cour d’Appel de Rennes, membre de l’Académie Nationale d’Agriculture de France et du groupe de veille hepta-académique sur l’antibiorésistance

Les premières études portant sur les effets des antibiotiques sur le microbiote en santé animale concernaient les antibiotiques régulateurs de flore ou facteurs de croissance. Leur utilisation s’est développée à partir des années 50 aux USA puis en Europe. Les doses utilisées étaient 10 fois inférieures aux doses thérapeutiques mais ils étaient donnés pendant toute la durée de la période d’élevage. Ils agissaient en réorientant les fermentations digestives. On considérait que ces doses inférieures aux CMI des bactéries impactées, n’induisaient pas de résistance. Mais en 1996 la crise de l’avoparcine qui met en évidence un gène de résistance commun à cet antibiotique, utilisé exclusivement en alimentation animale et à la vancomycine, antibiotique de dernier recours en médecine humaine. A titre thérapeutique, l’utilisation des antibiotiques par voie orale est largement utilisée dans beaucoup d’espèces animales, mais elle est totalement déconseillée chez les ruminants sevrés, le cheval et le lapin dont les compartiments digestifs sont très sensibles aux déséquilibres microbiens.
Les travaux actuels portent sur toutes les espèces d’élevage et sur les animaux de compagnie. Ils sont plus nombreux chez le porc, une espèce très sensible aux troubles digestifs au début de la période d’élevage qui nécessite traditionnellement un recours conséquent à l’antibiothérapie, par voie orale mais aussi par voie parentérale. Ils ciblent surtout Escherichia coli, mais certaines bactéries Gram positif, des spirochètes et Lawsonia intracellularis, une petite bactérie intracellulaire responsable d’entérites hémorragiques, sont également concernés. Les études portent sur la modification du microbiote, la sélection de souches résistantes, en particulier vis-à-vis des antibiotiques critiques utilisés par voie orale ou parentérale, les conséquences du traitement de la truie sur le microbiote et la structure de la muqueuse intestinale du porcelet et même sur sa réponse immunitaire. Chez les carnivores, le chien en particulier, quelques travaux portent sur les conséquences de l’usage du métronidazole et des macrolides, et leurs conséquences à long terme sur le microbiome. Les conséquences de la présence de bactéries porteuses de gènes de résistance dans les effluents d’élevage sont également un sujet de préoccupation.


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